ويواجه مرسي و 10 آخرون، اتهامات باختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها لدولة أجنبية، والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربى والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي.
ومن بين المتهمين في القضية أحمد عبدالعاطي مدير مكتب الرئيس الأسبق، وسكرتيره الخاص أمين الصرفي.
يشار إلى أن مرسي أدين في 3 قضايا وصدر بحقه حكم بالإعدام في قضية الهروب من سجن وادي النطرون وحكم بالأشغال الشاقة المؤبدة في قضية التخابر مع حماس، وحكم بالسجن لمدة 20 عاما في قضية احداث الاتحادية.
وتقدم مرسي بطعون بالنقض في تلك الأحكام وما زالت الطعون منظورة، فيما يحاكم أيضا مع عدد من الحقوقيين والإعلاميين في قضية أخري بتهمة إهانة القضاء، لا تزال منظورة ولم يصدر فيها أحكام.